Ο Φορέας διαχείρισης διοικείται από 7μελές Διοικητικό συμβούλιο που αποτελεί το ανώτατο όργανο διοίκησης και λήψης αποφάσεων. Αποτελείται από εκπροσώπους του υπουργείου Περιβάλλοντος και Ενέργειας, της αυτοδιοίκησης, παραγωγικών φορέων της περιοχής, περιβαλλοντικών οργανώσεων και της επιστημονικής κοινότητας. Τα μέλη του ορίζονται με απόφαση του Υπουργού Περιβάλλοντος και Ενέργειας, μετά από πρόταση των παραπάνω Φορέων που συμμετέχουν στο Δ.Σ. και η θητεία του είναι τριετής με δυνατότητα ανανέωσης.
Το Δ.Σ. αποφασίζει για κάθε θέμα που αφορά τη διοίκηση και λειτουργία του Φορέα, τη διαχείριση της περιουσίας και τη διάθεση των πόρων του, καθώς και για κάθε άλλο θέμα που ανάγεται στην εκπλήρωση των σκοπών του και των προστατευόμενων αντικειμένων.
Η σύσταση του εν ενεργεία Δ. Σ. σύμφωνα με την ΥΠΕΝ/ΔΔΥ/97574/12232 της 09.01.2019, είναι η παρακάτω.
