- Αρχαία πόλη Λύκα
Αρχαιολογικά ευρήματα που σήμερα βρίσκονται στο βυθό της Μικρής Πρέσπας, στο νοτιοδυτικό άκρο του νησιού του Αγίου Αχιλλείου, μαρτυρούν την ύπαρξη μιας αρχαίας πόλης, της Λύκας. Η ονομασία πρέπει να είναι προελληνική και σχετίζεται με τη λίμνη (την Βρυγηίδα), εφόσον και στα αλβανικά η ονομασία της λίμνης είναι «liqen).
Η ύπαρξη της αρχαίας πόλης χαμηλότερα από τη σημερινή στάθμη μας κάνει να συμπεράνουμε ότι η στάθμη της λίμνης στο παρελθόν έχει υπάρξει χαμηλότερα.
- Βασιλική Αγίου Αχιλλείου στο ομώνυμο νησί (τέλη 10ου αιώνα)
Το νησί του Αγίου Αχιλλείου υπήρξε η πρωτεύουσα του Βούλγαρου Τσάρου Σαμουήλ, ενός από τα 4 κομητόπουλα, υιών του κόμη Νικολάου και της Αρμένισσας μητέρας τους Ριψιμίας, σε μια περίοδο που μαινόταν ο σκληρότερος και πιο μακροχρόνιας πόλεμος ανάμεσα στη Βουλγαρία και το Βυζάντιο με επικεφαλείς τον Σαμουήλ και τον αυτοκράτορα Βασίλειο Β’ αντίστοιχα.
Ο Σαμουήλ το 985 κατέλαβε την πόλη της Λάρισας από όπου και αφαίρεσε το λείψανο του Αγίου Αχιλλείου και το μετέφερε στα ενδότερα της Βουλγαρίας, δηλαδή στην Πρέσπας. Το λείψανο συνοδεύτηκε από έναν μεγάλο αριθμό Λαρισαίων, όπου ανάμεσα τους υπήρχαν μάστορες, τεχνίτες, και άλλες ειδικότητες με εντολή να χτίσουν έναν μεγαλοπρεπή ναό που θα στεγάσει το μητροπολιτικό ναό του πατριαρχείου του. Έτσι λοιπόν το νησάκι (που εκείνη την εποχή ήταν ενωμένο με τη στεριά) αποτέλεσε την πρωτεύουσα του κράτους που προσπαθούσε να εγκαθιδρύσει.
Σύμφωνα με τον αρχαιολόγο Ν. Μουτσόπουλο, ο Σαμουήλ ετάφη στην Βασιλική, όπως μαρτυρούν κάποια ίχνη υφασμάτων, όπως το πορφυρό χρώμα του σκελετού του, οδηγώντας στο συμπέρασμα ότι ήταν καλυμμένος με πορφυρό ύφασμα, προνόμιο βασιλικό. Το κυριότερο τεκμήριο αποτελεί το τραύμα στο αριστερό χέρι του νεκρού, το οποίο απέκτησε ο Σαμουήλ από τη μάχη του Σπερχειού το 997.
To 1072 ξέσπασε η επανάσταση του Κωσταντίνου Bodin την οποία οι Βυζαντινοί κατέστειλαν στέλνοντας Γερμανούς μισθοφόρους. Τότε είναι που η βασιλική έπαθε μεγάλες ζημιές και ιδιαίτερα ο τάφος του Αγίου. Επίσης, έχει διαπιστωθεί ότι το μνημείο δεν ολοκληρώθηκε ποτέ, το οποίο μαρτυρείται από την έλλειψη ενιαίας επίστρωσης στο δάπεδο. Αντίθετα, είναι γνωστό ότι τοιχογραφήθηκε 3 φορές. Κάποιο βίαιο γεγονός, όπως εχθρική επέμβαση ή σεισμός, είναι δυνατό να αποτελεί αιτία της κατάρρευσης τμημάτων του ναού. Ο ναός φαίνεται στο παρελθόν να είχε λαμπρή τοιχογράφηση όμως ελάχιστα ίχνη διασώζονται.