Πολλοί είναι οι λόγοι που δίνουν στην Πρέσπα ιδιαίτερη αξία και πολλοί οι λόγοι που δημιούργησαν αυτή την ιδιαίτερη αξία. Ανάμεσά τους ξεχωρίζουν το πλούσιο φυσικό περιβάλλον και το υποβλητικό τοπίο, ο υγρότοπος, οι παραδοσιακοί οικισμοί και τα αξιόλογα βυζαντινά μνημεία. Το πιο σημαντικό όμως χαρακτηριστικό είναι ότι συγκεντρώνει πάρα πολλές μορφές ζωής σε τόσο μικρή έκταση.
Ο συνδυασμός μεσογειακού και ηπειρωτικού κλίματος, τα διαφορετικά πετρώματα, η απομόνωση στα μεγάλα υψόμετρα, μαζί με το μακρινό παρελθόν, έχουν προσφέρει στην περιοχή χλωρίδα και πανίδα πλούσια σε παγκόσμιο επίπεδο. Κάποια από τα σπάνια είδη που φιλοξενεί η περιοχή είναι ενδημικά, δηλαδή εμφανίζονται μόνο στην Πρέσπα και πουθενά αλλού στον κόσμο. Γνωρίζουμε ότι εδώ απαντώνται περίπου το 27% της Ελληνικής χλωρίδας, τα μισά περίπου είδη πουλιών, θηλαστικών, ερπετών και αμφιβίων της Ελλάδας, 8 ενδημικά είδη ψαριών από τα 23 που ζουν στις λίμνες της και τα 2/3 περίπου των πεταλούδων της χώρας. Σε αυτή την πρόταση είναι αδύνατο να συμπεριλάβουμε τον τεράστιο πλούτο ασπόνδυλων οργανισμών, ο οποίος όμως δυστυχώς σε μεγάλο βαθμό, ακόμη, είναι ανεξερεύνητος.
Με λίγα λόγια η περιοχή των Πρεσπών χαρακτηρίζεται από υψηλή βιοποικιλότητα.
