Ο Φορέας Διαχείρισης του Εθνικού Πάρκου Πρεσπών (ΦΔΕΠαΠ) ιδρύθηκε το 2002 (όπως και άλλοι 25 Φορείς Διαχείρισης) με σκοπό τη διοίκηση και διαχείριση των περιοχών, των στοιχείων και συνόλων της φύσης και του τοπίου των λιμνών Μικρή και Μεγάλη Πρέσπα καθώς και των ορεινών όγκων που τις περιβάλλουν, εντός της λεκάνης απορροής τους.
Πλέον είναι ένας από τους 36 Φορείς Διαχείρισης που λειτουργούν στη χώρα μας για τη διαχείριση των προστατευόμενων περιοχών, όπως προκύπτει και από τις υποχρεώσεις της χώρας μας προς την Ε.Ε, να εφαρμόσει αποτελεσματικά μέτρα προστασίας του περιβάλλοντος και της βιοποικιλότητας.
Ο ΦΔΕΠαΠ είναι νομικό πρόσωπο ιδιωτικού δικαίου κοινωφελούς χαρακτήρα που εποπτεύεται από το υπουργείο Περιβάλλοντος και Ενέργειας (ΥΠΕΝ).
Η κύρια χρηματοδότηση του από το 2008 έως και το 2015 ήταν το Επιχειρησιακό Πρόγραμμα “Περιβάλλον” και το Επιχειρησιακό Πρόγραμμα “Μακεδονία – Θράκη 2007-2013”, ενώ παράλληλα χρηματοδοτήθηκε και από προγράμματα του Πράσινου Ταμείου.
