Τα πουλιά είναι το σύμβολο της Πρέσπας και η συνολική τους πανίδα παρουσιάζει ιδιαίτερη αξία καθώς έχει εθνική και διεθνή σημασία λόγω του πλούτου της αλλά και της παρουσίας διεθνώς σημαντικών πληθυσμών σπάνιων ειδών.
Στην ιστορία του πολιτισμού της Πρέσπας επίσης κατέχουν σημαντική θέση. Μια μαρμάρινη πλάκα στη Βασιλική του Αγίου Αχιλλείου απεικονίζει την επίθεση ενός γερακιού σε έναν ερωδιό. Σε ένα κομμάτι του χρυσοΰφαντου υφάσματος, το οποίο βρέθηκε μέσα στον τάφο του Βούλγαρου Τσάρου Σαμουήλ, απεικονίζονται αετοί με τα κεφάλια τους αντικριστά μέσα σε κύκλους από φυσικά μοτίβα.
Το σύνολο των ειδών ορνιθοπανίδας που έχουν καταγραφεί στην περιοχή των Πρεσπών είναι 275 και από αυτά αναπαράγονται εδώ 149 είδη. Πενήντα τρία από τα φωλεάζοντα ή με τακτική παρουσία είδη της περιοχής, έχουν περιληφθεί στο παράρτημα Ι της οδηγίας 79/409/ΕΟΚ.
Η Πρέσπα είναι περισσότερο γνωστή για τον διεθνώς σημαντικό αναπαραγόμενο πληθυσμό του αργυροπελεκάνου (Pelecanus crispus). Η αποικία της Πρέσπας είναι η μεγαλύτερη αποικία αργυροπελεκάνου στον κόσμο (το 2018 μετρήθηκαν 1.266 ζευγάρια του είδους), ενώ διαθέτει και τη μεγαλύτερη πυκνότητα σε σχέση με την έκταση της περιοχής. Σήμερα, η αποικία της Πρέσπας αποτελεί περίπου το 20% του εκτιμώμενου παγκόσμιου αναπαραγόμενου πληθυσμού του είδους, λειτουργώντας ως “πηγή” που τροφοδοτεί άλλες μικρότερες αποικίες στην υπόλοιπη Νοτιοανατολική Ευρώπη.