Η παρουσία και λειτουργία του Φορέα σκοπεύει στη διαχείριση του φυσικού περιβάλλοντος, τη διατήρηση της βιοποικιλότητας και της οικολογικής ισορροπίας στις περιοχές ευθύνης του ώστε να μειωθούν μελλοντικά οι αρνητικές επιπτώσεις στα φυσικά οικοσυστήματα και να διασφαλιστεί η ευημερία του ανθρώπου.
Σε κάθε προστατευόμενη περιοχή, για την αποτελεσματική εφαρμογή των απαραίτητων δράσεων, την παρακολούθηση και επίτευξη των στόχων που τίθενται και τη λήψη κατάλληλων μέτρων για την επαρκή προστασία των προστατευόμενων περιοχών τόσο από φυσικές αιτίες υποβάθμισης, όσο και από δυσμενείς ανθρώπινες ενέργειες, επεμβάσεις και δραστηριότητες, υλοποιούνται τα σχέδια διαχείρισης προστατευόμενων περιοχών που θεσμοθετούνται από την Ελληνική Πολιτεία.
Ο βασικός «οδηγός» του ΦΔΕΠαΠ για τη διαχείριση της περιοχής ευθύνης του, αποτελεί το Σχέδιο Διαχείρισης που ολοκληρώθηκε το 2011. Με βάση αυτόν τον οδηγό οι βασικές δραστηριότητες του ΦΔΕΠαΠ είναι: Η εποπτία- φύλαξη, η διαχείριση του υγροτόπου, η ενημέρωση και περιβαλλοντική ευαισθητοποίηση των πολιτών, η εκπόνηση μελετών και έργων για τη παρακολούθηση και διαχείριση της βιοποικιλότητας και η παροχή γνωμοδοτήσεων για την περιβαλλοντική αδειοδότηση έργων και δραστηριοτήτων.
