Η φύλαξη της προστατευόμενης περιοχής αποτελεί μια από τις βασικές αρμοδιότητες του ΦΔΕΠαΠ. Οι περιοχές εφαρμογής της είναι η έκταση που καταλαμβάνει το Εθνικό Πάρκο Πρεσπών και οι περιοχές του Ευρωπαϊκού οικολογικού δικτύου NATURA 2000 που βρίσκονται στην ευθύνη του. Σκοπός της φύλαξης είναι η πρόληψη, αποτροπή και αντιμετώπιση των παράνομων ενεργειών και δραστηριοτήτων οι οποίες επιφέρουν πιέσεις στην προστατευόμενη περιοχή. Επίσης, το τμήμα φύλαξης συμμετέχει υποστηρικτικά σε προγράμματα και εργασίες διαχείρισης, στη συντήρηση υποδομών και εξοπλισμού του φορέα, την επικοινωνία με τους χρήστες/ κατοίκους της περιοχής με σκοπό την κατανόηση των προβλημάτων τους και την προώθηση της συμμετοχικής διαχείρισης.
Πιο συγκεκριμένα κάποιες από τις αρμοδιότητες του τμήματος φύλαξης είναι:
- Μέτρηση της στάθμης και της θερμοκρασίας των υδάτων στις λίμνες Μικρή και Μεγάλη Πρέσπα
- Φύλαξη των περιοχών, στις οποίες φωλιάζουν και τρέφονται τα πτηνά
- Φύλαξη για την αποτροπή όχλησης της ορνιθοπανίδας στους καλαμιώνες και την προστασία από παράνομες ή βλαπτικές ενέργειες όπως οι εαρινές πυρκαγιές
- Έλεγχος της λαθραλιείας στις λίμνες και στο ποτάμι του Αγ. Γερμανού
- Έλεγχος των απολήψεων ύδατος από τη λίμνη και τις πηγές, τα ρέματα και υπόγειους υδροφορείς που την τροφοδοτούν
- Φύλαξη του θυροφράγματος (σε συνεργασία με ΕΠΠ)
- Έλεγχος παράνομων γεωτρήσεων
- Έλεγχος της ορθής κοπής των καλαμιών
- Έλεγχος των σημείων πλύσης των βυτίων ψεκασμού φυτοφαρμάκων
- Έλεγχος της απόρριψης χρησιμοποιημένων δοχείων φυτοφαρμάκων και λιπασμάτων
- Έλεγχος της ανεξέλεγκτης διάθεσης οικιακών απορριμμάτων, χρησιμοποιημένων ορυκτελαίων, μπαζών κ.α.
- Έλεγχος των δραστηριοτήτων, οι οποίες είναι δυνατό να οδηγήσουν στην πρόκληση δασικών πυρκαγιών
- Έλεγχος λαθροϋλοτομιών
- Αποτροπή της καταστροφής των παραποτάμιων δασών
- Έλεγχος της λαθροθηρίας και έλεγχος της τήρησης των διατάξεων για την θήρα
- Έλεγχος της διαχείρισης των αποβλήτων στις γεωργο-κτηνοτροφικές εγκαταστάσεις, με σκοπό την καταπολέμηση της ρύπανσης των υδάτων
- Τήρηση της απαγόρευσης καύσης των καλαμιών στους αγρούς και της φυσικής βλάστησης των αποστραγγιστικών τάφρων σύμφωνα με τις απαιτήσεις της Πολλαπλής Συμμόρφωσης
- Έλεγχος του τρόπου εκτέλεσης όλων των δημόσιων και ιδιωτικών έργων, της συμμόρφωσης με τους περιβαλλοντικούς όρους, της ελαχιστοποίησης των επιπτώσεων στο τοπίο και της αποκατάστασης του τοπίου μετά την ολοκλήρωση των κατασκευαστικών εργασιών
- Τακτικές αυτοψίες για τη φύλαξη των θέσεων των παλιών ΧΑΔΑ
- Έλεγχος των δασοπονικών και καλλιεργητικών πρακτικών
- Βέλτιστος σχεδιασμός των δραστηριοτήτων φύλαξης και καθορισμός χωρικών προτεραιοτήτων ανάλογα με τις κυρίαρχες ανά εποχή δραστηριότητες και τους κυριότερους κινδύνους
- Συμμετοχή σε εργασίες συντήρησης των κτηρίων και του περιβάλλοντα χώρου
- Συμμετοχή στη διανομή έντυπου υλικού
- Συμμετοχή σε εκπαιδευτικά σεμινάρια
- Παροχή πρώτων βοηθειών σε τραυματισμένα είδη της πανίδας
- Ταφή νεκρών και δηλητηριασμένων ζώων
