Οι λίμνες Μικρή και Μεγάλη Πρέσπα θεωρούνται μαζί με την λίμνη Aχρίδα, οι αρχαιότερες λίμνες της Ευρώπης και η μακρά τους ιστορία έχει δώσει πολλούς ενδημισμούς μεταξύ των οποίων πλούσια πανίδα υδρόβιων μαλακίων. Αρκετά μας μένουν όμως να μάθουμε για τη κατανομή της βιοποικιλότητας αυτής της ενδιαφέρουσας πανίδας και τις βιογεωγραφικές της σχέσεις με άλλες Βαλκανικές λίμνες. Μπορούμε να γνωρίζουμε όμως ότι μέχρι στιγμής οι δύο λίμνες φιλοξενούν περίπου το 26% των Ελληνικών γαστερόποδων γλυκού νερού και το 44% των δίθυρων, ενώ συνολικά το ποσοστό επί της συνολικής πανίδας των Μαλακίων του γλυκού νερού ανέρχεται σε 29%. Επίσης, με τα μέχρι τώρα στοιχεία γνωρίζουμε ότι περίπου το 37,5% της πανίδας αυτής στις δύο λίμνες αποτελείται από ενδημικά είδη (τα 15 από τα 40 συνολικά είδη). Στην έκταση των λιμνών που ανήκουν στη χώρα μας δεν έχουν εντοπιστεί και τα 40 είδη.
Κάποια από αυτά τα είδη είναι τα: Bithynia prespensis, Planorbarius corneus arabatzis, Prespolitorea valvataeformis, Prespolitorea malaprespensis, Radix pinteri, Marstoniopsis macedonica, Pisidium maasseni, Pyrgohydrobia prespaensis και Gyraulus stankovici.
