Η ιχθυοπανίδα των Πρεσπών είναι μοναδική, μια από τις αυθεντικότερες της Ελλάδας και αποτελεί μια ιδιαίτερα πολύτιμη φυσική αξία του Εθνικού Πάρκου Πρεσπών, που πρέπει να διαφυλαχθεί και για τις επόμενες γενιές.
Στη Μικρή και Μεγάλη Πρέσπα έχουν παρατηρηθεί 23 είδη ψαριών, εννιά από τα οποία είναι ενδημικά, δηλαδή βρίσκονται μόνο στις Πρέσπες και πουθενά αλλού στον κόσμο, γι’ αυτό και προστατεύονται από την ευρωπαϊκή και εθνική νομοθεσία.
Αυτά είναι: η Πέστροφα των Πρεσπών (Salmo peristericus), η Μπράνα (Barbus prespensis), η Πλατίκα (Rutilus prespensis), το Τσιρόνι (Alburnus belvica), το Σκουμπούζι (Chondrostoma prespense), ο Κέφαλος (Squalius prespensis), το Τσιρονάκι (Alburnoides prespensis), η Βρυγοβελονίτσα (Cobitis meridionalis) και η Τσίμα (Pelasgus prespensis). Οκτώ από αυτά από τα είδη, χαρακτηρίζονται ως «Τρωτά» ή ως «Κινδυνεύοντα». Η πέστροφα Salmo peristericus είναι ίσως το πλέον απειλούμενο ενδημικό είδος, καθώς ζει μόνο σε 4 ποτάμια που χύνονται στη λίμνη Μεγάλη Πρέσπα: στον Γεροπόταμο της κοιλάδας του Αγ. Γερμανού, στα γειτονικά Brajcisnka, Ranska και στον ρύακα LevaReka της Βόρειας Μακεδονίας.
Επίσης από τα 23 είδη τα 12 είναι [simple_tooltip content=’Εισβάλλοντα ξενικά είδη χαρακτηρίζονται εκείνα τα είδη που μεταφέρονται, εσκεμμένα ή κατά λάθος, στα φυσικά και ημι-φυσικά οικοσυστήματα μιας περιοχής, εκτός της τωρινής ή παλαιότερης φυσικής τους εξάπλωσης. Συχνά λειτουργούν ανταγωνιστικά και εκτοπίζουν την τοπική βιοποικιλότητα, τροποποιούν τη δομή των βιοκοινοτήτων, αλλάζουν την τροφική αλυσίδα και επηρεάζουν την παραγωγικότητα των οικοσυστημάτων.
Σε διεθνές επίπεδο, τα εισβάλλοντα είδη αξιολογούνται ως ο δεύτερος μεγαλύτερος κίνδυνος για την απώλεια της βιοποικιλότητας, μετά την καταστροφή των ενδιαιτημάτων‘]ξενικά[/simple_tooltip] είδη: Πεταλούδα, Χορτοφάγος Κυπρίνος, Κουνουπόψαρο, Ασημοκυπρίνος, Ηλιόψαρο, Αμερικάνικη πέστροφα, Κινέζικη Λεστιά, Ψευτορασμπόρα, Αμούρι, Πέστροφα της Αχρίδας, Γουλιανός και Γλύνι.
Τα συγκεκριμένα είδη μεταφέρθηκαν στην περιοχή κυρίως μέσω των εμπλουτισμών. Μερικά από τα είδη αυτά δεν αναπαράγονται και σιγά σιγά εξαφανίζονται, ενώ κάποια άλλα πολλαπλασιάζονται με αποτέλεσμα να απειλούν τα ενδημικά είδη.
