Όσον αφορά τα αμφίβια, στην περιοχή έχουν καταγραφεί 11 είδη (οκτώ είδη Άνουρων και τρία είδη Ουρόδηλων), από τα 24 της χώρας, αριθμός ιδιαίτερα μεγάλος τόσο για την Ελλάδα όσο και για την υπόλοιπη Βαλκανική Χερσόνησο και οφείλεται στη μεγάλη ποικιλία ενδιαιτημάτων, στην ύπαρξη μεγάλων εκτάσεων με ρηχά νερά γύρω από τις λίμνες αλλά και στο συνδυασμό της γειτνίασης των ορεινών οικοσυστημάτων με τις λίμνες.
Τα περισσότερα είδη βρίσκονται κοντά στις λίμνες και ο αριθμός τους μειώνεται σταδιακά καθώς αυξάνεται το υψόμετρο, καθώς δηλαδή κινείται κανείς από το επίπεδο των λιμνών προς τα αλπικά λιβάδια. Μερικά είδη αμφιβίων είναι στενά συνδεδεμένα με ένα τύπο βιοτόπου ή το υδάτινο στοιχείο, ενώ άλλα παρουσιάζουν μια ευρύτερη εξάπλωση. Οι σημαντικότερες και κρισιμότερες ζώνες για αυτά είναι τα υγρά λιβάδια, όπου αναπαράγονται τα περισσότερα είδη σε μεγάλους αριθμούς.
Ένα πολύ κοινό είδος στην περιοχή, από το επίπεδο των λιμνών μέχρι και τα αλπικά λιβάδια, είναι ο Bufo bufo (Φρύνος ή Μπράσκα), ένα νυχτόβιο είδος και ανεξάρτητο από το υγρό στοιχειό με εξαίρεση την περίοδο αναπαραγωγής. Επίσης, κοινή παρουσία εμφανίζουν οι σαλαμάνδρες (Salamandra salamandra), ζώα που μπορούν να ζήσουν έξω από το νερό αλλά απαιτούν υψηλά επίπεδα υγρασίας, και είναι πιθανό να τις συναντήσετε τις βροχερές ημέρες του φθινοπώρου.
Ακόμη, ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζουν τα δύο είδη Τρίτωνα που συναντούμε στην περιοχή: τον Triturus macedonicus που εντοπίζεται σε βαθιές μικρές λίμνες για αναπαραγωγή, κοντά στις λίμνες και τα υγρά λιβάδια και ο Lissotriton graecus που εντοπίζεται κυρίως σε τρεχούμενα νερά στα ορεινά.
Επίσης, στην περιοχή ζει και ο σχετικά σπάνιος πηλοβάτης (Pelobates balcanicus), είδος με κέντρο εξάπλωσης την Ασία, όπου στην περιοχή των Πρεσπών, βρίσκεται στο δυτικότερο εύρος της εξάπλωσης του για την Ελλάδα και πιθανότατα και για την Ευρώπη.
Η διατήρηση σημαντικών πληθυσμών αμφιβίων και κυρίως των άνουρων, γύρω από τη λίμνη, είναι σημαντικός διαχειριστικός στόχος για την περιοχή, καθώς γνωρίζουμε πως αποτελούν βασική πηγή τροφής για πολλά υδρόβια πουλιά, αλλά και για τη βίδρα, ιδιαίτερα την άνοιξη όταν εμφανίζονται οι μεγαλύτεροι αριθμοί των γυρίνων.