Στις αρμοδιότητες του Φορέα, όπως αυτές προβλέπονται από το Ν. 4519/2018 (άρθρο 4), υπάγεται:
- Η κατάρτιση και η ευθύνη της εφαρμογής των κανονισμών διοίκησης και λειτουργίας της περιοχής καθώς και των σχεδίων διαχείρισης.
- Η παρακολούθηση και η αξιολόγηση της εφαρμογής των κανονιστικών όρων και περιορισμών που επιβάλλονται, καθώς και των κανονισμών διοίκησης και διαχείρισης.
- Η παροχή γνωμοδοτήσεων πριν από την προέγκριση χωροθέτησης και την έγκριση των περιβαλλοντικών όρων των έργων και δραστηριοτήτων που εμπίπτουν στην περιοχή ευθύνης του.
- Η επικουρία των αρμόδιων διοικητικών και δικαστικών αρχών στον έλεγχο της περιβαλλοντικής νομοθεσίας.
- Η κατάρτιση μελετών και ερευνών, καθώς και η εκτέλεση τεχνικών ή άλλων έργων που περιλαμβάνονται στο σχέδιο διαχείρισης και στα αντίστοιχα προγράμματα δράσης για την προστασία, διατήρηση και ανάδειξη των προστατευόμενων αντικειμένων.
- Η ανάληψη εκπόνησης ή εκτέλεσης εθνικών ή ευρωπαϊκών προγραμμάτων και δράσεων σχετικών με την περιοχή ευθύνης του.
- Η ενημέρωση, εκπαίδευση και κατάρτιση του πληθυσμού σε θέματα αναγόμενα στις αρμοδιότητες και σκοπούς του.
- Η μέριμνα για τη συλλογή, ταξινόμηση και επεξεργασία δεδομένων και περιβαλλοντικών στοιχείων, περιλαμβανομένων και στοιχείων της άυλης πολιτιστικής κληρονομιάς για τις περιοχές ευθύνης του
- Η προώθηση, υποστήριξη, οργάνωση και εφαρμογή οικοτουριστικών προγραμμάτων, η έκδοση αδειών ξενάγησης και η χορήγηση αδειών επιστημονικής έρευνας και τεχνικών δοκιμών και αναλύσεων. Η χορήγηση σήματος ποιότητας και συνεργασίας σε επιχειρήσεις που δραστηριοποιούνται εντός της περιοχής ευθύνης του.
- Η διαχείριση δημόσιων εκτάσεων που παραχωρούνται προς το φορέα ή μισθώνονται από τον Φορέα Διαχείρισης κατά τις κείμενες διατάξεις, καθώς και η ενοικίαση ιδιωτικών εκτάσεων και η πραγματοποίηση σε αυτές των προβλεπόμενων στον κανονισμό διοίκησης και λειτουργίας και στο σχέδιο διαχείρισης αναγκαίων παρεμβάσεων.
- Η χορήγηση αδειών επιστημονικής έρευνας και τεχνικών δοκιμών και αναλύσεων.