Στα πλαίσια λειτουργίας του ΦΔΕΠαΠ λειτουργούν 3 Κέντρα ενημέρωσης σε διαφορετικές περιοχές του πάρκου και με διαφορετική θεματική, με σκοπό την πληροφόρηση των επισκεπτών για τις αξίες και τις φυσικές λειτουργίες της περιοχής και για τη σημασία της προστασίας και διατήρησης της φυσικής και πολιτιστικής κληρονομιάς της Πρέσπας.
Επίσης, οι επισκέπτες μπορούν να ενημερωθούν για σημεία παρατήρησης της ορνιθοπανίδας του Εθνικού Πάρκου, για πεζοπορικές και ποδηλατικές διαδρομές και άλλες δραστηριότητες.
Τα Κέντρα απευθύνονται σε μη εξειδικευμένο κοινό (επισκέπτες κάθε ηλικίας, χωρίς ειδικές γνώσεις σε θέματα φυσικού περιβάλλοντος). Πολλοί από τους επισκέπτες είναι μαθητές σχολείου (προγραμματισμένες επισκέψεις Κατώτερης και Μέσης Εκπαίδευσης, στα πλαίσια του διδακτικού προγράμματος) ομάδες ενηλίκων και επισκέπτες κάθε εθνικότητας που βρίσκονται σε διακοπές. Η θεματική επιλογή και η παρουσίαση του πληροφοριακού υλικού έχει απλό και ελκυστικό αποτέλεσμα, ώστε τα Κέντρα να καλύπτουν τις απαιτήσεις ενός κοινού χωρίς εξειδικευμένες γνώσεις.
Τα κέντρα εγκαταστάθηκαν σε υπάρχοντα κτήρια στην περιοχή που ήταν εγκαταλειμμένα και τα οποία αναπαλαιώθηκαν και ανακατασκευάστηκαν στα πλαίσια του ΕΠΠΕΡ ΙΙ (Επιχειρησιακό Πρόγραμμα για το Περιβάλλον) του ΥΠΕΧΩΔΕ .
