Το νομοθετικό και κανονιστικό πλαίσιο που διέπει το Εθνικό Πάρκο Πρεσπών περιλαμβάνει:
τους Νόμους
1650/1986 «Για την προστασία του περιβάλλοντος»
2742/1999 «Χωροταξικός σχεδιασμός και αειφόρος ανάπτυξη και άλλες διατάξεις»
3044/2002 «Μεταφορά Συντελεστή Δόμησης και ρυθμίσεις άλλων θεμάτων αρμοδιότητας Υπουργείου Περιβάλλοντος, Χωροταξίας και Δημοσίων Έργων»
3199/2003 «Για την προστασία και διαχείριση των υδάτων»
3937/2011 «Διατήρηση της βιοποικιλότητας και άλλες διατάξεις»
τις Κοινοτικές Οδηγίες
92/43/ΕΚ «για την διατήρηση των φυσικών οικοτόπων καθώς και της άγριας πανίδας και χλωρίδας»
2009/147/ΕΚ «περί της διατήρησης των άγριων πτηνών»
τις Κοινές Υπουργικές Αποφάσεις
ΚΥΑ 125811/1416 /ΦΕΚ 566 Β’ /9.5.03 «Συγκρότηση ΦΔ»
ΚΥΑ 28651/09 / ΦΕΚ 302 ∆ / 23.7.09 «Χαρακτηρισμός των λιμνών Μικρής και Μεγάλης Πρέσπας και της λεκάνης απορροής αυτών ως Εθνικού Πάρκου»
Κ.Υ.Α. 50743/ ΦΕΚ 4432/Β/2017/ 11.12.17 «Αναθεώρηση Καταλόγου Περιοχών Δικτύου Natura 2000»
τα Προεδρικά Διατάγματα
Π.Δ. 46/1974 «Περί κηρύξεως της περιοχής των λιμνών Μικρής και Μεγάλης Πρέσπας Νομού Φλώρινας ως Εθνικού Δρυμού»
Π.Δ. 262/1983, «Απαγόρευση της χρήσης συρόμενων εργαλείων αλιείας (γρύπων) στις λίμνες Μικρή και Μεγάλη Πρέσπα»
τις Υπουργικές Αποφάσεις
ΥΑ 126445/2473/26.06.03 «Συγκρότηση του πρώτου ΔΣ του ΦΔΕΔΠ»
ΥΑ 18194/ΦΕΚ 1401 Β’/13.9.04 «Έγκριση Κανονισμού Λειτουργίας του Διοικητικού Συμβουλίου (Δ.Σ.) του Φορέα Διαχείρισης Εθνικού Πάρκου Πρεσπών»
ΥΑ 18192/ 19.05.05 «Έγκριση κανονισμού οικονομικής διαχείρισης του ΦΔΕΔΠ»
ΥΑ 18194 /24.05.05 «Κανονισμός λειτουργίας του ΔΣ του ΦΔΕΔΠ»
ΥΑ 22112/09.06.05 «Έγκριση Κανονισμού για την εκτέλεση έργων, για την ανάθεση, παρακολούθηση και παραλαβή μελετών και υπηρεσιών, την προμήθεια, παράδοση και παραλαβή αγαθών, υλικών και προϊόντων και για την σύναψη και εκτέλεση σχετικών συμβάσεων του Φορέα Διαχείρισης Εθνικού Δρυμού Πρεσπών»
ΥΑ 27173 /12.07.05 «Κανονισμός λειτουργίας των υπηρεσιών και του προσωπικού του ΦΔΕΔΠ»
ΥΑ 20706 /17.05.06 «Νέο 9μελές ΔΣ του ΦΔΕΔΠ»
ΥΑ 17515 /7.09.09 «Νέο 9μελές ΔΣ του ΦΔΕΔΠ»
ΥΑ 2115 /19.01.10 «Τροποποίηση της προηγούμενης απόφασης και συγκρότηση νέου 9μελούς ΔΣ του ΦΔΕΔΠ»
Άλλες διατάξεις
Υ.Δ. 23211/1747/1975 «Κήρυξη της περιοχής του Εθνικού Δρυμού ως τοπίου ιδιαίτερου φυσικού κάλλους»