Το μεγαλύτερο τμήμα της προστατευόμενης περιοχής έχει ανακηρυχθεί Εθνικό Πάρκο τον Ιούλιο του 2009 με την ΚΥΑ 28651/2009 και έχει συνολική έκταση 327.000 στρέμματα.
Ο χαρακτηρισμός της Μικρής, Μεγάλης Πρέσπας και της λεκάνης απορροής αυτών ως Εθνικό Πάρκο αποσκοπεί «στην προστασία, διατήρηση, διαχείριση και ανάδειξη του φυσικού περιβάλλοντος της περιοχής των Πρεσπών, καθώς επίσης και των ιδιαίτερων αρχαιολογικών, ιστορικών, πολιτιστικών και αισθητικών στοιχείων της περιοχής. Ο σκοπός αυτός υπηρετείται με την παράλληλη προώθηση και ανάπτυξη των πρόσφορων δραστηριοτήτων που εναρμονίζονται με την προστασία της φύσης και του τοπίου, τη συνεχή παρακολούθηση της κατάστασης και εξέλιξης του φυσικού περιβάλλοντος, σε συνδυασμό με τη βελτίωση του βιοτικού επιπέδου των κατοίκων», όπως αναφέρεται στην ΚΥΑ.
Εντός των ορίων του Εθνικού Πάρκου καθορίζονται Ζώνες Προστασίας, Ζώνη Οικοανάπυξης και περιοχές φυσικών σχηματισμών στις οποίες καθορίζονται επιτρεπόμενες χρήσεις, δραστηριότητες, όροι, περιορισμοί και μέτρα προστασίας και διαχείρισης. Πιο αναλυτικά:
- Ζώνη Α. Περιοχές Απόλυτης Προστασίας της Φύσης (Α1-Α3).
Στις ζώνες αυτές περιλαμβάνονται περιοχές αναπαραγωγής καθώς επίσης και βιότοποι σπάνιων ειδών της ορνιθοπανίδας.
Είναι οι: 1. Σλάτινα Λαιμού – Οπάγια (Α1), 2. Κρίνα – Κούλα (Α2) και 3. Κεραμίτσα (Α3), βορείως της Μικρολίμνης.
Σε αυτή τη ζώνη απαγορεύεται οποιαδήποτε ανθρώπινη δραστηριότητα πλην της επιστημονικής έρευνας, η οποία διενεργείται μετά από ειδική άδεια και υπό όρους. Την έκδοση της άδειας και τους όρους που την συνοδεύουν, χορηγεί ο Φορέας Διαχείρισης μετά από αίτηση του ενδιαφερομένου φορέα ή ατόμου. Κατ’ εξαίρεση επιτρέπονται δράσεις, επεμβάσεις και έργα μικρής κλίμακας που υπαγορεύονται ως αναγκαία, για τη διαχείριση, την προστασία και βελτίωση των οικοτόπων των ειδών της χλωρίδας και της πανίδας. Ο Φορέας Διαχείρισης κάθε έτος σηματοδοτεί ευκρινώς και σε ικανή απόσταση, τις αποικίες φωλεασμού των ειδών της ορνιθοπανίδας, ούτως ώστε να είναι σαφής η περιοχή απόλυτης προστασίας στην οποία θα απαγορεύεται η πρόσβαση.
- Ζώνη Β. Περιοχές Προστασίας της Φύσης (Β1 έως Β7).
Στις ζώνες αυτές περιλαμβάνονται χερσαίες και λιμναίες εκτάσεις που έχουν μεγάλη οικολογική αξία για τα είδη της χλωρίδας και της πανίδας της περιοχής των Πρεσπών, ιδιαίτερα για σπάνια και ενδημικά είδη.
Περιλαμβάνει τη λίμνη Μικρή Πρέσπα με τα υγρά λιβάδια και τους καλαμιώνες που την περιβάλλον, την παραλιακή ζώνη της μεγάλης Πρέσπας, τον ρύακα του Αγίου Γερμανού, δασικές εκτάσεις και τη Μεγάλη Πρέσπα.
Σε όλη την έκταση της ζώνης αυτής ισχύουν κάποιοι γενικοί όροι και αρκετοί ειδικοί κατά περίπτωση για την κάθε ζώνη Β. Σε γενικές γραμμές οι ανθρώπινες δραστηριότητες που επιτρέπονται ή συνοδεύονται από απαγορεύσεις αφορούν τη δόμηση, την αλιεία, τη βόσκηση, τη διαχείριση των καλαμιών, την καλλιέργεια, το κυνήγι, την επιστημονική έρευνα, τη συλλογή φυτών, τη διάνοιξη δρόμων κ.α.
- Ζώνες ΟΙΚ. Περιοχές Οικοανάπτυξης (ΟΙΚ1 έως ΟΙΚ6).
Στις ζώνες αυτές συμπεριλαμβάνονται οι εκτός ορίων των οικισμών και των επεκτάσεών τους αγροτικές περιοχές, και πιο συγκεκριμένα: το χωριό Ψαράδες, Πύλη, Βροντερό, εγκαταλειμμένα χωριά, ο οικισμός του Αγίου Αχιλλείου και αγροτικές περιοχές γύρω από τους οικισμούς.
Στις περιοχές της ζώνης αυτής όπου επιτρέπεται η κατοικία, η δόμηση επιβάλλεται να ακολουθεί την τοπική παραδοσιακή αρχιτεκτονική. Επίσης επιτρέπονται: η συντήρηση και βελτίωση των υφισταμένων έργων υποδομής και εγγειοβελτιωτικών έργων, η επίσκεψη και η παροχή διευκολύνσεων για την κίνηση και την αναψυχή των επισκεπτών, η γεωργία, η ελεύθερη βόσκηση, η αμμοληψία σε συγκεκριμένα τμήματα των περιοχών Οικοανάπτυξης κ.α.
- Προστατευόμενοι φυσικοί σχηματισμοί, τοπία ή στοιχεία του τοπίου (Σ1 έως Σ10).
Όπως: οι συστάδες των αιωνόβιων αρκεύθων στον Άγιο Γεώργιο του χωριού Ψαράδες (Σ1) και στον Άγιο Αθανάσιο του χωριού Βροντερό (Σ2), το λιβάδι με νάρκισσους στην Οξυά (Σ3), που αποτελεί το τελευταίο υπόλειμμα μεγάλων συστάδων με νάρκισσους που αφθονούσαν άλλοτε υπό εκτατικές συνθήκες διαχείρισης, το υγρό λιβάδι με ορχιδέες (σαλέπια) στη Σέλτσα (Σ4) που είναι ένα από τα ελάχιστα πλέον δείγματα κορεσμένων με νερό εδαφών, εντός της αγροτικής ζώνης, μακριά από τη λίμνη, με υδρόβια βλάστηση και ορχιδέες, η νήσος Άγιος Αχίλλειος (Σ5), που αποτελεί σπανιότατο δείγμα αγροτικού τοπίου υπό εκτατική εκμετάλλευση, μόνο με βόσκηση από μεγάλα ζώα, υπόδειγμα διαχείρισης των καλαμιώνων με βόσκηση, τελευταίο υπόλειμμα αγροτικού τοπίου όπως ήταν στο παρελθόν, χωρίς δρόμους. Στη νήσο αυτή υπάρχουν θέσεις ιστορικής σημασίας με πέντε σημαντικά βυζαντινά και μεταβυζαντινά μνημεία και εκκλησιές, κ.α.
Για κάθε έναν από τους σχηματισμούς αυτούς ισχύουν συγκεκριμένοι όροι.
Για περισσότερες πληροφορίες βρείτε εδώ την ΚΥΑ
